La Universidad presta una atención especial al Deporte. Cuenta con un Departamento de Deportes, que coordina la participación de los equipos y atletas de la UAA en los Torneos Oficiales de las Asociaciones de los distintos deportes, y que se encarga, además, de organizar y desarrollar actividades deportivas, durante todo el año, dentro de la propia Universidad, y en conjunto con otras instituciones.
En la Universidad Autónoma de Asunción existe el convencimiento de que "el Estudio y el Deporte van de la mano". Una dedicación responsable al estudio, complementada con la práctica de algún deporte, permite un desarrollo y formación sanos, física y espiritualmente. La disciplina, el espíritu de grupo, el respeto a los compañeros y a las reglas del juego, así como el ansia de triunfo, son algunos de los valores que la práctica del deporte imprime en los estudiantes, dotándoles de las herramientas adecuadas para lograr el éxito en su vida.
El interés e incentivo de la Universidad Autónoma de Asunción al Deporte se han visto coronados, con éxito, con el logro de numerosos trofeos, nacionales e internacionales, tanto en el deporte universitario, en que la UAA ha sido tricampeona, como en el deporte federado. La UAA tiene equipos afiliados a las respectivas Federaciones deportivas en las siguientes disciplinas: Basketball, Futsal FIFA, Fútbol de campo (femenino), Handball, Volleyball, Natación, Rugby, Ciclismo y Atletismo.
El equipo de Futsal FIFA Masculino ha salido campeón absoluto de Paraguay, en dos ocasiones, clasificando y participando en la Copa Libertadores, y venciendo, en dicha competencia internacional, a equipos tan tradicionales como Boca Juniors y River Plate de Argentina, y Peñarol de Uruguay. Actualmente, es Vicecampeón absoluto de Paraguay. El equipo de Fútbol Femenino ha salido campeón en varias oportunidades, venciendo a equipos tradicionales paraguayos como Cerro Porteño, Olimpia y Nacional. La UAA ha obtenido campeonatos en torneos oficiales de otras disciplinas, como Hockey sobre Césped, Basket (Inferiores), Volley, Atletismo, y Ciclismo, y aportado numerosos deportistas a las Selecciones Nacionales que representan a nuestro país en las distintas disciplinas.
En casi todos los deportes en que participa, la UAA cuenta con divisiones inferiores, así como Escuelas de Deportes, como Basket, Fútbol, Natación y Tae Kwon Do, en las que casi 1.000 niños y niñas se inscriben todos los años, para formarse físicamente y desarrollar sus valores a través del Deporte.
